وتوصي لجنة الخبراء بأن يجري مكتب المدعي العام استعراضاً شاملاً للمحاكمات التي تمت أمام المحكمة المخصصة ويعيد عند الحاجة فتح باب المرافعة من جديد في المحاكمات المنتهية، بالاستناد إلى أسس يوفرها القانون الإندونيسي. 专家委员会建议总检察长办公厅全面审阅向特设法院提起的诉讼，并酌情在印度尼西亚法律现有依据的基础上重新提起诉讼。
يكون لمحكمة اﻻستئناف أيضا اختصاص أصلي واستئنافي على جميع القضايا التي تتعلﱠق بتفسير القوانين اﻹندونيسية المطبﱠقة في إقليم الحكم الذاتي الخاص لتيمور الشرقية أو تفسير اﻷجزاء اﻷول والخامس والسادس من هذا اﻻتفاق. 上诉法院还对所有涉及解释适用于东帝汶特别自治区的印度尼西亚法律或解释本协定第一、五和六部分的案件有初审和上诉管辖权。
تمارس حكومة إقليم الحكم الذاتي الخاص لتيمور الشرقية الوﻻية القضائية على الجرائم التي ترتكب في اﻹقليم، باستثناء تلك المتصلة بالخيانة واﻹرهاب والمخدرات والجرائم الدولية اﻷخرى التي تسري عليها القوانين اﻹندونيسية والوﻻية القضائية اﻹندونيسية. 东帝汶特别自治区政府应对在东帝汶特别自治区内所犯之罪行具有司法管辖权,但涉及叛国和恐怖主义、毒品和其他国际性犯罪的罪行除外,此类罪行应属印度尼西亚法律和司法管辖权范围。
بينما تلاحظ اللجنة أن الأراضي والموارد المائية والطبيعية تخضع لسيطرة الدولة وتُستغل لمصلحة الشعب العليا بموجب القانون الإندونيسي، فإنها تذكر بأنه يتعين تطبيق هذا المبدأ بشكل يتوافق مع حقوق الشعوب الأصلية. 委员会尽管注意到，土地、水和自然资源应当由缔约国掌控，并且应当根据印度尼西亚法律尽最大可能造福人民，但同时委员会再次指出，这项原则必须在符合土着人民权益的情况下始终如一地贯彻。