The various diseases requiring transplantation may in themselves increase the risks of non-Hodgkin's lymphoma, squamous cell carcinomas of the skin, hepatobiliary carcinomas, and mesenchymal tumours to which azathioprine may add additional risks. يمكن للأمراض المختلفة التي تتطلب عمليات زرع أن تكون في حد ذاتها سببا لزيادة مخاطر سرطان الغدد الليمفاوية اللاهودجكين، سرطان الخلية الحرشفية للجلد، سرطان الكبد، والأورام الوسيطة بحيث يمكن أن يضيف الآزاتيوبرين مخاطر إضافية عليها.
Azathioprine has been used in the management of moderate to severe chronically active Crohn's disease, to maintain clinical remission (absence of disease activity) in corticosteroid-dependent patients, and to provide benefit in people with fistulizing Crohn's disease. استٌخدم آزاتيوبرين في إدارة داء كرون النشط، المعتدل إلى الشديد أو المزمن، للحفاظ على هدوء سريري (غياب فاعلية المرض) عند المرضى المعتمدين على الستيروئيدات القشرية، ولتقديم فائدة عند مرضى داء كرون الناسوري.
However, one recent study, in a carefully selected high risk population of patients with declining GFR, showed that a combination of steroids and cyclophosphamide for the initial 3 months followed by azathioprine for a minimum of 2 years resulted in a significant preservation of renal function. ومع ذلك، أوضحت دراسة أُجريت مؤخرًا على مجموعة منتقاة بعناية من السكان الأكثر عرضة للمخاطر من بين المصابين بانخفاض معدل الترشيح الكُبيبي، أن تركيبة من السترويد وسايكلوفوسفاميد خلال 3 شهور الأولى متبوعة بأزاثيوبرين لمدة عامين على الأقل سيؤدي إلى الحفاظ على وظائف الكُلى بدرجة كبيرة.