As distortions in the double helix are themselves are dependent on base sequence, proteins are able to recognize DNA in a manner similar to the way that they recognize other proteins and small ligand molecules, i.e. via geometric shape (instead of the specific sequence). لأن تغيرات بنية اللولب المزدوج نفسها تعتمد على تسلسل القواعد، يمكن للبروتينات التعرف على الدنا بطريقة مماثلة للطريقة التي تتعرف بها على البروتينات الأخرى وجزيئات الربيطات الصغيرة الأخرى، كمثال عبر الشكل الهندسي الفراغي (بدل تسلسل محدد).