In 1963, the 11 states of the federation together with Singapore, Sarawak and North Borneo joined to form Malaysia, but in 1965 Chinese-majority Singapore was expelled from the union following tensions between the Malay and Chinese populations. وفي 1963 اندمجت الولايات الـ11 للاتحاد مع سنغافورة وساراواك وشمال بورنيو لتشكيل ماليزيا، ولكن طُردت سنغافورة ذات الأغلبية الصينية من الاتحاد في سنة 1965 بعد توترات بين الملايو والسكان الصينيين.
While North Borneo Self-government Day is often referred to as 'Independence Day', this is strictly speaking incorrect, since British legislation on North Borneo's self-government did not provide for its independence prior to it joining to form the federation of Malaysia. في الوقت الذي يُشار فيه إلى يوم الحكم الذاتي لشمال بورنيو بـ "يوم الاستقلال"، فإن هذا المعنى غير صحيح ولا دقيق بشكل كامل، لأن التشريع البريطاني بشأن الحكم الذاتي لجزيرة بورنيو الشمالية لم ينص على استقلالها قبل انضمامها لتشكيل اتحاد ماليزيا.
After the end of the World War II, the territory was administered by the British Military Administration which later transferred to the Crown Colony government in 1946 as the British North Borneo Chartered Company facing a difficulties due to the high cost to reconstructing North Borneo. بعد انتهاء الحرب العالمية الثانية كانت الإدارة العسكرية البريطانية تدير منطقة ما يشكل ماليزيا الآن، نُقلت إدارة بورنيو فيما بعد إلى حكومة ولي العهد في عام 1946 حيث واجهت شركة بورنيو تشارترد البريطانية الشمالية صعوبات بسبب التكلفة العالية لإعادة بناء بورنيو الشمالية.