Mark I. Vuletic, in an essay posted to the talk.origins Archive, presented a detailed argument that Denton's attempts to make an adequate challenge to evolutionary biology fail, contending that Denton neither managed to undermine the evidence for evolution, nor demonstrated that macroevolutionary mechanisms are inherently implausible. كتب مارك فلتك مقالة نشرت في أرشيف توك أورجنز فصل فيها الأسباب التي يرى أنها وراء فشل محاولات دنتون لتحدي علم الأحياء التطوري بشكل وافٍ، مؤكدًا على أن دنتون لم يتمكن من إضعاف أدلة التطور، ولا من برهنة أن آليات التطور الكبروي غير ممكنة في أصلها.
However, even with regard to the natural sciences, significant difference exist among scientists and philosophers of science with regard to what constitutes valid scientific method—for example, evolutionary biology, geology and astronomy, studying events that cannot be repeated, can use a method of historical narratives. ومع ذلك، حتى فيما يتعلق بالعلوم الطبيعية، يوجد فرق كبير بين العلماء وفلاسفة العلم فيما يتعلق بما يشكل الطريقة العلمية الصحيحة — مثل علم الأحياء التطوري، والجيولوجيا وعلم الفلك التي تدرس العديد من الأحداث التي لا يمكن أن تتكرر، ويمكن أن تستخدم طريقة السرد التاريخي وحديثًا، تم توسيع استخدام التعبير ليشمل دراسة الظواهر الاجتماعية البشرية أيضًا.
These fields include astrophysics, which has revealed how planets and stars form, interact, and die; particle physics, which has revealed how matter behaves at the smallest scales; evolutionary biology, which predicts how life will evolve over time; and plate tectonics, which shows how continents shift over millennia. هذه المجالات تتضمن الفيزياء الفلكية، والتي كشفت كيف تتكون الكواكب وكيف هي ولادة النجوم، وكيف تتفاعل، ثم تموت، وكذلك علم فيزياء الجسيمات، وكيف تتصرف المادة على أصغر المقاسات; علم الأحياء التطوري، الذي يتنبأ كيف ستترقى الحياة عبر الوقت، ونظرية الصفائح التكتونية، التي تظهر كيف أن القارات سيتغير شكلها وستتحول عبر ألفيات السنين وبمرور الزمن.
They seek answers to questions such as how many genes are involved, how large are the effects of each gene, how interdependent are the effects of different genes, what do the genes do, and what changes happen to them (e.g., point mutations vs. gene duplication or even genome duplication). اليوم، يحاول علماء علم الأحياء التطوري تحديد الهندسة الجينية للظواهر التطورية المثيرة مثل التكيف والانتواع، ويبحثون عن إجابات لأسئلة مثل كم عدد الجينات المتضمنة، وكم يبلغ مقدار تأثير كل جين، وكم يبلغ مقدار التداخل بين الجينات المختلفة، وماذا تفعل الجينات، وما التغيرات التي تحدث لهم (مثل الطفرة النقطية في مواجهة تكرار الجينات) أو حتى تعدد الصيغ الصبغية.